Sønderborg liegt in der Region Syddanmark an der Ostsee. Die Stadt liegt rund 15 km (Luftlinie) von Drejby (Halbinsel Kegnæs) und rund 25 km von der deutschen Grenze entfernt. Die Entfernung nach Kiel beträgt rund 70 km, bis Kopenhagen rund 200 km.
Die Stadt zählt rund 75'000 Einwohner.